Fran Tarkenton blev draftet af Minnesota Vikings i tredje runde i 1961 draften, og af Boston Patriots i femte runde i AFL draften, men han skrev kontrakt med Vikings. Minnesota Vikings (1961-1966)
I hans første kamp som Vikings-spiller, og Vikings første kamp nogensinde, førte han holdet til en 37-13 sejr over Chicago Bears, en kamp som hurtigt gav ham popularitet og en rekord for at være den eneste, der har kastet 4 touchdown passes, og et rush touchdown, i sin første kamp.
Gennem hans første tid hos Vikings, lå han ofte i diskussion med Head Coach Norm Van Brocklin, som var imod konceptet om en mobil quarterback, et koncept som Tarkenton gjorde yderst populær med hans bevægelighed.
New York Giants (1967-1971)
Fran blev i 1967 traded til Giants, et opsigtsvækkende trade som gav Vikings 2 first round picks og 2 second round picks. Her formåede han at hjælpe holdet fra en 1-12-1 record fra året før til bedre tider. I hans første kamp som Giants spiller førte han holdet til sejr over sit gamle hold Vikings i et 4th quarter comeback, efter at have været bagude med 13 point.
Minnesota Vikings (1972-1978)
Efter endnu et stort trade hvor Giants fik 2 veteraner, en rookie og 2 høje draft picks, kom Fran tilbage til Minnesota, hvor han også startede sin karriere, og i hans 7 sidste sæsoner, som Vikings og professionel football spiller, førte han holdet til hele 6 NFC Central Division titler og til 3 Superbowls, som dog alle blev tabt.
Fran havde sin bedste sæson i 1975, hvor han førte Vikings til en NFC championship finale og endte som ligaens MVP, Offence Player of The Year og med en Quarterback Rating på 91,8.
Sæsonen fik dog en tragisk slutning for Fran, da Vikings tabte 17-14 til Cowboys i de sidste sekunder på det første ”Hail Mary”-kast. Oveni det hårde nederlag til Cowboys, døde Frans far, imens han så kampen. Rygterne siger at hans hjerte stoppede da han så ”Hail Mary”-kastet. Den virkelige historie er dog, at han døde i midten af 3. quarter.
Da Fran trådte tilbage fra football-verdenen, var han indehaver af mange store rekorder indenfor Quarterback positionen: 3,686 pass completions, 47,003 passing yards (6. all time nu), og 342 touchdowns (4. all time nu), var på dette tidspunkt nok til at gøre ham til All time leader indenfor disse kategorier. Men udover at være en dygtig passer, havde han også 3674 rushing yards (4. bedst blandt quaterbacks nogensinde), som gjorde at han fik tilnavne som ”Scramblin’ Fran” og ”Frantic Fran”.