Minnesota Vikings (1999-2005)
I 1999 valgte Minnesota Vikings at bruge deres førsterundevalg, det 11 overall på Daunte Culpepper. Culpepper var den fjerde quarterback der blev draftet det år. Inden ham var Tim Couch, Donovan McNabb og Akili Smith blevet taget med de første tre valg i hele draften. Culpepper fik ikke muligheden for at lave nogle spil i hans første år hos Vikings.
Men allerede året efter fik han chancen for Vikings og imponerende alle. Han sluttede med en rating på 98.0, kastede for 3,937 yards, 33 touchdowns og kun 16 interceptions. Vikings sluttede det år 11-5 og kom til NFC finalen hvor de tabte med hele 41-0 til New York Giants. Han havde i hele hans Minnesota tid glæden af at spille sammen med en af de bedste receivere i NFL, Randy Moss.
Igennem hele Culpeppers karriere har han været kendt for sine mange skader. Desværre var det også en skade i 2005 som ødelagde resten af hans karriere i Minnesota. Efter en kanon sæson i 2004 med en rating på hel uhørte 110,9 igennem 16 kampe med 4,717 yards, 39 touchdowns og 11 interceptions kom Culpepper galt afsted i Vikings syvende kamp det år hvor han pådrog sig en alvorlig knæskade.
Forholdet imellem Culpepper og Minnesota blev derefter kun dårligere og dårligere, og man valgte at frigøre Culepper efter 2005 sæsonen.
Miami Dolphins (2006)
Selvom han kom fra en alvorlig knæskade valgte Miami Dolphins at tage chancen med Culpepper. Her endte hans karriere også hurtigt da han efter fire kampe med kun en sejr ikke fik mere spilletid. Det var problemer med hans skulder som gjorde at coach, Nick Saban valgte at fortælle Culpepper han skulle koncentrere sig om at blive helt klar da han knæ tilsyneladende også stadigvæk gav ham problemer.
Miami Dolphins valgte efter 2006 sæsonen at trade sig til Trent Green fra Kansas City Chiefs. Få timer inden handlen blev officielt fortalte Dolphins, Culpepper at de ville forsøge sig med en anden quarterback.
Oakland Raiders (2007)
Raiders havde draftet JaMarcus Russell som den første overhoved i 2007 draften. Russell ville dog ikke skrive under til at starte med, så Raiders hentede Daunte Culpepper ind for at agere backup til Josh McCown. Imod Miami Dolphins erstattede Culepper McCown som quarterback og formåede at score to kastet touchdowns og tre løbet touchdowns ind imod hans gamle hold som året forinden havde valgt at fyre ham grundet hans skader.
Efter seks kampe fra start blev Culpepper skadet under træningen hvilket endte hans ophold hos Oakland Raiders.
Detroit Lions (2008-2009)
I frustration over han ikke følte NFL holdene stadigvæk troede på ham som en quarterback der kunne vinde kampe, valgte han den 4 september, 2008 at trække sig tilbage. Der gik dog kun et par måneder inden Culpepper valgte at gøre comeback. Chiefs havde mistet Brodie Croyle for sæsonen og spurgte Culpepper om han ikke ville komme tilbage. Culpepper sagde han kom tilbage til NFL, men til et andet hold.
Den 2 november valgte Culpepper så at underskrive en toårig kontrakt med Detroit Lions. Her formåede Culpepper i sin første sæson at spille fire kampe inden han fik en skulder skade. Det var i denne sæson at Detroit Lions formåede at tabe alle deres 16 kampe det år, og dermed blive kendt som et af historiens værste NFL hold.
I 2009 valgte Lions at drafte Matthew Stafford. Og selvom Culpepper igennem hele pre-season udtalte sig optimistisk omkring muligheden for at starte for Lions, endte det med rookien fik tjansen som starter. Stafford måtte undervejs sidde ude i et par kampe. Her endte det med Culpepper alligevel deltog i otte kampe, de fem fra start men kastede kun tre touchdowns og seks interceptions. I uge 14 blev Culpepper efter flere dårlige præstationer bænket til fordel for Drew Stanton.